El mapa de carreteras del Franco Condado está muy bien desarrollado al tratarse de una región fronteriza con Suiza que debe tener un buen sistema vial para facilitar el flujo de las comunicaciones internacionales dentro de Europa.
Una de las carreteras principales, la A36, llamada la Comtoise, es el eje de unión entre Alemania y la provincia francesa de Alsacia con Lyon y Marsella. Esta carretera, en su recorrido, pasa por la capital de la provincia, Besançon, y la une con las principales ciudades de esa ruta. Otra carretera importante es la A39, que une Dijon con Bourg-en-Bresse atravesando Lons-le-Saunier.
El transporte por carretera es importante sobre todo en la zona donde hay más industrias, al hacer posible el transporte de mercancías, que en gran parte son exportadas por vía terrestre a otros países, algo que no resulta complicado por la posición que ocupe el Franco Condado en el mapa.